通常情況下，并不能單純比較蛋白硒和麥芽硒哪個更好，兩者各有各的特點，平時如果需要補充硒，可以去醫院營養科進行營養元素的檢查，在醫生指導下進行補充。
麥芽硒屬于第三代生物硒，在有機硒的形態中，麥芽硒的生物活性較高，機體對其吸收利用率較好，麥芽硒是以小麥為硒轉化的活性載體，通過發芽過程的吸收轉化作用，使硒聚集在麥芽所含的氨基酸、蛋白質等分子上，從而形成一種富含有機硒的物質。蛋白硒屬于第四代硒，從富硒雞蛋中提取，適量食用可以輔助增強自身免疫力，對肝臟有一定的保護作用，故蛋白硒、麥芽硒都比較好，無法進行比較。
硒作為一種人體必需的微量元素，在維持人體健康方面具有重要作用，是人體中25種硒蛋白的重要組成部分，與人體內抗氧化、激素調節等功能相關。人體能夠吸收的硒可分為無機硒、有機硒，其中無機硒主要來自飲用水、水產品以及食用性植物。有機硒以硒代半胱氨酸和硒代蛋氨酸形式存在，前者主要來源于動物組織，后者則來源于植物性食物，如大蒜、蘑菇等，并且后者可以代替蛋氨酸參與蛋白質的合成。
有機硒相較于無機硒更加安全、有效，有機硒成為補硒的首選。在日常生活中，缺硒可能會導致克山病、大骨節病，故人們需要及時補充適量的硒。