單側巧囊是指單側卵巢巧克力囊腫，可能會影響懷孕，但通過積極治療可以自然懷孕，一般并不會導致不孕。單側卵巢巧克力囊腫是子宮內膜異位到卵巢形成的，可改變盆腔的內外環境和輸卵管的走形，影響正常的排卵，導致輸卵管堵塞以及盆腔粘連等，從而影響受孕。
如果單側卵巢巧克力囊腫體積較小，另一側輸卵管與卵巢都正常的情況下能自然受孕，可使用排卵試紙與B超動態監測卵泡發育與排卵情況，然后安排同房增加受孕率。
但如果單側卵巢巧克力囊腫體積比較大，痛經癥狀明顯或者已經備孕6-12個月沒有成功受孕者，可以考慮經腹腔鏡手術切除局部病灶。治療好轉后可考慮備孕并定期復查。而對于本身存在不孕癥且常規治療難以治愈者，可考慮輔助生殖技術治療，如體外受精-胚胎移植等。