肺穿刺檢查的目的主要是通過穿刺到達病變區域，獲取病變的組織標本，通過病理檢查來明確病變性質。一般肺部感染、肺部占位性病變、肺部結節等情況，需要做肺穿刺。
1、肺部感染：部分患者常規治療效果不佳，不能明確其病原學的診斷，需要通過肺穿刺協助病原學檢測，進行相應抗感染治療。
2、肺部占位性病變：通常在常規氣管鏡等檢測后仍不能明確其病理性質，可以進行肺穿刺檢查，特別是周圍性結節或腫塊的情況，有利于明確病情。
3、肺部結節：當肺部結節性質不明確時，考慮有可能會是肺癌，或者真菌結核等特殊的病因，需要做肺穿刺進一步地明確診斷，嚴重時甚至可能需要做外科手術切除治療。
另外，患者出現不明原因的肺部病變時，也需要進行肺穿刺來明確病因。