一般情況下，對于肥胖型心肌疾病，藥物療法是最基本的，但后期肥胖型心肌病會導致心力衰竭和房顫，因此需要使用血管緊張素轉(zhuǎn)換酶抑制劑、倍他受體阻斷劑、強心利尿藥等抗心衰的藥物；如果出現(xiàn)了房顫者，可以通過使用氨碘酮和倍他受體阻滯藥來降低心律失常，降低患者的心跳，降低患者的心臟功能。對于肥胖性心肌疾病，在晚期采用藥物是不能有效的，但對于伴有較重的流道性阻塞患者，建議采用外科手術(shù)進行室間切開。不能做外科治療的病人，可以通過經(jīng)皮穿刺將無水乙醇注射進腔內(nèi)，形成室腔內(nèi)的缺血性壞死。晚期心肌炎的病人，在使用藥物或房室隔手術(shù)后，均無法達到理想的療效，此時應考慮進行心肺移植手術(shù)。