如果嬰兒出現明顯的消化不良癥狀，可考慮通過消食藥緩解癥狀，比較常用的消食藥為益生菌類、消化酶類以及其他藥物。需要充分考慮藥物的不良反應是否會對嬰兒的成長和發育造成不良影響，因此建議在醫生幫助下用藥，并且癥狀不嚴重者盡量不要用藥。
1、益生菌類藥物：如果是因為腸道內菌群紊亂，可以在醫生指導下服用適合嬰兒的益生菌類藥物進行調節，能調節腸道菌群、幫助嬰兒消食，常用藥物包括枯草桿菌二聯活菌顆粒、雙歧桿菌三聯活菌散等；
2、消化酶類藥物：如果是因為體內的消化酶比較缺乏，從而出現嬰兒消化不良的情況，可以在醫生指導下補充消化酶，如多酶片，以緩解腹脹、腹痛等不適癥狀；
3、其他藥物：部分嬰兒可以使用的促消化的中成藥，藥物毒性比較小，通常不會造成太大的影響，如遵醫囑使用健兒消食口服液、參苓口服液等，可在嬰兒出現不消化癥狀的時候使用，促進食物的分解吸收。