通常來說，顱底凹陷癥與焦慮癥的區別有病理上、癥狀上等方面：
1、病理上的區別：焦慮癥是一組以焦慮綜合征為臨床表現的精神障礙；顱底凹陷癥是臨床常見神經系統發育異常性疾病。
2、癥狀上的區別：焦慮癥主要表現為精神上的恐懼、緊張和憂慮，在此精神癥狀背景下，還會出現一種自主神經功能興奮的表現，患者通常發生心慌、頭痛、出汗、手抖的身體不適。顱底凹陷部分患者有癥狀，主要有外形上的改變、四肢肌力下降、小腦控制力下降等，部分患者無癥狀，所以顱底凹陷患者不一定出現臨床表現。