如果輸精管疼痛是性生活過度這種非病理性因素導致的，一般能自愈；但如果輸精管疼痛是輸精管炎、前列腺炎、精囊炎等病理性因素導致的，通常不能自愈。
一、非病理性因素
如果男性進行了頻繁的性生活，可能會導致射精次數頻繁，對輸精管可能會有一定的不良影響，在下一次射精時就可能會出現輸精管疼痛的情況。這時可以自愈，患者需要減少性生活及射精的次數，適當進行休息，同時保持局部的清潔。
二、病理性因素
1、輸精管炎：細菌感染可能會引起輸精管炎，此時可能會引起單側或雙側輸精管受累，出現陰囊腫脹、疼痛等癥狀，并且伴有輸精管疼痛。這時一般不能自愈，患者需要及時進行治療，可以遵醫囑口服頭孢克肟分散片、鹽酸左氧氟沙星膠囊等藥物進行抗炎治療。
2、前列腺炎：前列腺炎是男性常見的生殖系統疾病，可能會引起前列腺充血，出現疼痛、脹痛等癥狀，炎癥可能會累及輸精管。此時患者需要及時遵醫囑口服阿莫西林膠囊、鹽酸坦索羅辛緩釋膠囊、鹽酸特拉唑嗪膠囊等藥物進行治療，以緩解炎癥刺激。
3、精囊炎：精囊炎是精囊的炎癥性病變，可能會導致尿急、尿痛，還可能會造成射精時疼痛，引起輸精管出現疼痛癥狀。患者可以遵醫囑口服羅紅霉素片、甲硝唑膠囊等藥物進行治療，以進行抗炎處理。
如果出現輸精管疼痛的癥狀，患者一般可以進行肛門指診、精液檢查等檢查。同時患者在日常生活中，可以保持局部清潔，避免細菌感染。