肛竇炎流出膿性分泌物是因炎癥進一步進展，肛管黏膜脫落混雜著黏液而形成，多數情況下還伴隨著腥臭味以及肛門異物感、糞便常帶少許黏液、肛門潮濕瘙癢等癥狀，需要積極治療，以免疾病進一步發展，如可在醫生指導下進行熏洗治療、塞藥治療或者直接進行手術治療。
1、熏洗治療：藥物可直接作用到病變部位，也可通過皮膚或黏膜的吸收而發揮療效，加上由于蒸氣的作用，可以溫通氣血經絡，促進局部血液循環，恢復和改善局部功能，加快對炎性組織代謝，以達到消腫散瘀、緩痛凝血之效，常用的有復方苦參洗劑。
2、塞藥治療：常用的有復方角菜酸酯栓、普濟痔瘡栓、馬應龍痔瘡栓等，可以緩解肛竇炎導致的疼痛等不適，改善不良癥狀。
3、手術治療：若膿性分泌物較多，需要進行手術治療，即肛門常規消毒局麻后擴開肛門，顯露出有病變的肛竇，用單鉤探針深入肛竇，沿著竇道緩緩深入，然后用刀從內向外逐步縱行切開，刮除創面腐肉，感染的肛門腺導管及肥大乳頭一并切除，創口不縫合，創面壓迫止血包扎即可。
患者要做好日常生活管理，可以循序漸進進行體育鍛煉，增強自身體質，提高身體免疫能力，防止肛竇炎反復發作，另外要注意多吃富含纖維素的水果和蔬菜，以保證大便通暢。