耳膜穿孔可能會引起頭疼。耳膜穿孔又稱為鼓膜穿孔，通常由于外界等相關因素所致，例如直接打擊耳部、氣浪沖擊、壓力變化等造成損傷。
正常情況下，當鼓膜完整時，中耳只能通過咽鼓管和外界進行氣體交換，咽鼓管位于鼻子后邊鼻咽部，通過吞咽或打哈欠等動作，可使咽鼓管開放，導致中耳腔和外界進行氣體交換，保持正常的壓力。但當鼓膜穿孔后，中耳又增加和外界進行氣體交換的通道，使空氣通過空洞進入中耳，因此中耳內黏膜可能會受外界氣流影響，導致中耳內黏膜受刺激。而中耳的頂部為顱底，因此當中耳黏膜受刺激后，可將刺激傳遞至顱底，繼而引起頭疼。但如果穿孔較小，進入的氣流較微弱，此時頭疼的表現通常不會特別明顯。
對于鼓膜穿孔者而言，如果由外傷性所造成，應避免感染，注意保持耳周清潔，避免游泳或淋雨，以免水流入耳道引發感染。如果是由于炎癥所致，建議進行抗感染治療，可外涂抗生素軟膏，如紅霉素軟膏等。