鼠李糖乳桿菌是腸道定植的一種正常菌群，而雙歧桿菌是與其他厭氧菌一起占據腸黏膜的表面，兩者均屬于常見的益生菌，但是在適應證、作用等方面均存在一定的區別。
1、適應證不同：鼠李糖乳桿菌具有高效降膽固醇的作用，可以平衡和改善胃腸道的功能、促進雙歧桿菌和嗜酸乳桿菌的生長，以及預防腹瀉、呼吸道感染、過敏等。雙歧桿菌可用于治療腸道菌群失調引起的腸功能紊亂，如急慢性腹瀉、便秘等；
2、作用不同：鼠李糖乳桿菌具有高效降膽固醇、降低遺傳過敏性濕疹的發生率、促進細胞分裂的作用。雙歧桿菌能達到重建人體腸道內正常微生態系統，進而調整腸道菌群以止瀉的作用，一般用于調節腸道正常的菌群環境，減少胃腸道轉運時間，改善抗生素導致的菌群紊亂，尤其是對老年人抗生素相關性腹瀉更有幫助。
與雙歧桿菌相比，鼠李糖桿菌的耐氧性更強，生產環境相對寬松，鼠李糖乳桿菌對于過敏、濕疹的緩解也有一定的幫助，建議有需求的患者在醫生的指導下服用相應的藥物，以免藥不對癥引起不良后果。