發燒三十九度一般指發熱39℃。發熱39℃屬于高熱，同時伴有頭暈、頭疼可能是普通感冒、甲型流感、扁桃體炎等原因引起的，可以通過日常護理、藥物治療的方式進行處理。
1、普通感冒：如果患者不注意保暖，則可能會導致普通感冒，進而可能會刺激機體出現發熱并達到39℃的現象，而且可能會伴有咳嗽、頭暈、頭疼等不適癥狀。建議患者在醫生的指導下服用感冒清熱顆粒、復方氨酚烷胺膠囊等抗感冒藥物進行治療。
2、甲型流感：甲型流感是由甲型流感病毒感染引起的急性呼吸道傳染病，病毒刺激可能會導致患者出現高熱、頭暈、頭疼、咳痰等不適癥狀。建議患者在醫生的指導下服用鹽酸阿比多爾顆粒、抗病毒口服液等抗病毒藥物進行治療。
3、扁桃體炎：扁桃體炎是由致病微生物引起的一種感染性疾病，炎癥刺激可能會導致患者出現高熱、咽痛、頭暈、頭疼、刺激性咳嗽等不適癥狀。建議患者在醫生的指導下服用阿莫西林膠囊、頭孢克洛顆粒等抗炎藥物進行治療。
除以上主要常見原因外，還有其他相對較常見的原因，比如高血壓、腦膜炎、腦炎等，應該及時前往醫院就診治療。