偶爾一次輕微晃動新生兒腦袋，一般不會對其身體造成不良影響。若劇烈晃動新生兒腦袋，可能會出現胃腸道癥狀，還可能會導致其出現頸椎、腦部等危害，日常應避免劇烈晃動新生兒的腦袋。
1、胃腸道癥狀：新生兒身體各系統發育不完善，賁門發育不成熟，張力低，搖晃新生兒頭部容易出現胃食管反流情況，若在喂養后晃動新生兒腦袋可能會導致新生兒吐奶等。
2、頸椎損傷：新生兒身體各組織器官還沒有完全發育完善，頭部偏重，晃動新生兒腦袋可能會導致頸椎無法承受相應的重量而出現頸部肌肉或者頸椎損傷。
3、腦部損傷：新生兒剛出生后，顱骨發育還不健全，顱縫沒有愈合，會在頭頂形成一個菱形的空間，其上只有頭皮和頭發，而沒有頭骨和腦膜的覆蓋，稱為囟門，劇烈晃動新生兒腦袋可能會導致腦部損傷。
除上述危害外，長期劇烈晃動新生兒腦袋甚至會引起搖晃嬰兒綜合征，嬰兒在生病初間斷發生不吃、嘔吐、嗜睡和(或)易激惹。嚴重損傷時可以突然發病，出現昏迷伴去大腦強直或角弓反張，還可出現呼吸困難、周圍性發紺發作，從而進展到窒息或心動過緩，此時需要心肺復蘇，如果出現表現面色蒼白及休克、低血壓、低體溫、心動過速(>200/min)，提示嚴重顱內出血、顱高壓。
新生兒月齡較小，身體發育不完善，家長應注意新生兒的護理，避免劇烈晃動新生兒的腦袋。若新生兒經常出現哭鬧等不適，建議及時帶其到新生兒科就診，完善體格檢查等明確具體原因。