通常情況下，孕酮低，一般不會造成胎兒畸形或者有缺陷。具體分析如下：
孕酮是由卵巢黃體分泌的一種天然孕激素，是維持妊娠所必需的，其可以使子宮內膜增厚，為受精卵著床做準備，還可以促進乳房充分發育，為產乳做準備。女性在懷孕以后，如果有不良的生活習慣、營養不良，可能會出現孕酮低的情況，而孕酮低可能會使子宮的環境不穩當，不利于受精卵的著床，從而容易出現先兆流產、流產等情況，但一般不會造成胎兒畸形或者有缺陷。胎兒畸形或者有缺陷可能是先天發育不良、染色體異常等原因引起的，懷孕的女性經過檢查發現胎兒畸形或者有缺陷，應及時在醫生的指導下進行治療。