腦循環治療儀和經顱磁的區別通常在于原理、方法、治療效果等方面，因此需要根據個人的實際情況選擇相應的治療方式。
1、原理：
腦循環治療儀使用的是生物信息模擬技術和計算機軟件技術，能合成脈沖組合波形進行電刺激，從而能夠擴張大腦血管并改善腦部微循環。而經顱磁刺激直接作用于中樞神經系統，會產生感應電流，可以改變皮層神經細胞的動作電位。
2、方法：
腦循環治療儀需要粘貼于兩耳側乳突，使用的是電極貼片。而經顱磁刺激則是通過脈沖磁場對腦部神經造成刺激，引起一系列的生理生化反應。
3、治療效果：
腦循環治療儀能夠影響腦循環和腦血管的自主調節功能，可以擴張大腦血管并改善腦部微循環，從而起到一定的治療效果。經顱磁刺激則能影響腦內代謝，可以有效刺激神經電活動，是一種磁刺激技術。
除此之外，腦循環治療儀和經顱磁的區別還在于價格、適應癥、治療時間等方面，需要注意在醫生的指導下選擇適合自己的方式治療。