通常兒童的扁桃體呈生理性肥大，10-14歲會逐漸萎縮。由于兒童期扁桃體有重要的保護作用，任意切除將降低局部的免疫反應及呼吸道的抗感染力，所以一般不建議切除。但是當扁桃體出現異常且影響兒童正常的生活時，如扁桃體肥大、扁桃體炎癥、頑固性白喉等，并且由醫生判斷可切除時才能進行本操作，需注意切除手術應該在兒童4歲以后進行。
1、扁桃體肥大：如果未出現相關的臨床癥狀可先行觀察，但少數兒童會出現Ⅲ度扁桃體肥大，從而導致咽腔狹窄，妨礙吞咽、呼吸功能，導致進食障礙或者語言含糊不清時，需要切除扁桃體；
2、扁桃體炎癥：慢性扁桃體炎有反復急性發作或者多次發生扁桃體周膿腫時，患兒常見癥狀有咽痛、高熱等，如連續2-3年每年發作2-3次，則需切除扁桃體。通常在急性發作后3-4周做手術較為合適，但若發作頻繁，不能久等，可考慮在發作消退后數日施行手術，術前、術后均需應用抗生素；
3、頑固性白喉：白喉是由白喉桿菌引起的急性呼吸道傳染病，常見癥狀有發熱、扁桃體及周圍組織出現白色偽膜等，頑固性白喉會導致扁桃體反復出現嚴重水腫，甚至影響呼吸，需要切除扁桃體。
除了以上情況外，如果扁桃體慢性炎癥已成為引起其他臟器病變的病灶，或與鄰近器官的病變有關聯時，需要切除扁桃體，如長期、慢性的扁桃體炎會導致兒童出現遠期并發癥，如風濕熱、風濕性關節炎、風濕性心臟病等，此外，部分兒童會出現長期低熱的癥狀。若兒童出現扁桃體周膿腫，不進行治療會導致炎癥擴散引起咽旁膿腫、喉炎、喉水腫等，此時可能會導致呼吸困難，需切除扁桃體。此外，扁桃體的腫瘤分為良性和惡性，良性腫瘤常見于扁桃體息肉、扁桃體血管瘤，惡性腫瘤有扁桃體鱗狀細胞癌，為避免腫瘤壓迫氣道引起呼吸異常，因此需要切除扁桃體。
兒童切除扁桃體1周內的飲食，應以流食為主，如稀粥、面條、菜湯等。避免攝入過硬的食物，以免導致兒童咽腔疼痛，甚至導致大出血的情況。為避免術后感染，兒童進食后應及時漱口，保持口腔清潔。