3個月嬰兒吃奶時邊吃邊掙扎喊叫可能是太餓、喂奶姿勢不對、消化不良等原因導致的，需要對癥采取調整喂奶姿勢、藥物治療。具體分析如下：
1、太餓：嬰兒的胃口和食量隨著成長在逐漸增加，如果太長時間未進食，會導致嬰兒感到非常饑餓，從而表現出掙扎和哭喊的行為。一般在吃奶后可以緩解，通常不用特別處理。
2、喂奶姿勢不對：如果嬰兒的頭部位置不正確，或者奶瓶的角度不正確，可能會導致奶流過快或過慢，使嬰兒難以吞咽，從而出現掙扎、哭喊的行為。在給嬰兒喂奶時，應該確保正確的姿勢，將嬰兒抱起來，使頭部稍微仰起，讓奶瓶的角度適當，使奶流均勻，讓嬰兒輕松吞咽。
3、消化不良：嬰兒消化不良一般是腹部受涼、吃太多等原因導致的，可能會出現嘔吐、便秘等癥狀。消化不良時，嬰兒的胃酸分泌較為旺盛，如果分泌過多，可能會導致胃酸反流，引起嬰兒不適，表現出邊吃邊掙扎、喊叫的行為。家長可遵醫囑給嬰兒使用小兒化食口服液、嬰兒健脾散等藥物治療。
除以上主要常見原因外，還有其他相對較常見的原因，比如病毒性感冒、細菌性感冒、肺炎、支氣管炎、鵝口瘡等，需要積極就醫檢查治療。