一般臨床上，并不存在男性更年期綜合征中醫治療效果好還是西醫治療效果好的說法，患者可以根據自身具體情況進行選擇。
1、中醫治療
由專業中醫師根據患者表現進行辨證分型，依據不同類型分別給予相應的中藥方劑進行治療，如益腎逍遙散、柴胡疏肝散、六味地黃丸等。通過以補腎為基礎，兼以疏肝、健脾、養心的治法，從而調整臟腑功能、平衡氣血陰陽，進而改善性欲減退或性功能障礙、腰腿疼痛、失眠、健忘、焦慮、抑郁、疲乏倦怠等多種不適癥狀。
2、西醫治療
男性更年期綜合征的治療主要包括一般治療、藥物治療和心理治療，一般治療即調養成良好的生活習慣，保持心情舒暢，在醫生指導下進行體育鍛煉、減肥，少吃油膩及高脂食物，戒煙戒酒，避免藥物濫用，避免久坐、久站等。常用藥物治療有十一酸睪酮軟膠囊、睪酮貼劑、促性腺激素注射劑等。對于出現精神心理癥狀者，給予心理治療，主要是以開導的方式進行，通過談話以及應用一些藥物，如安神補腦口服液、復方棗仁膠囊等，使男性患者心態得到改善，起到輔助治療作用。
建議患者在治療期間，避免吃辛辣刺激和油膩的食物，如辣椒、肥肉等，以免影響藥物的治療效果。同時，還可以適當進行體育鍛煉，如慢跑、游泳等，可以增強身體抵抗力，有利于病情的恢復。