部分眼肌無力由于過度疲勞、眼肌型重癥肌無力造成，有可能自愈。還有一部分眼肌無力由于胸腺疾病、腦梗死、結核性腦膜炎等疾病造成，此時難以自愈，需要及時治療。
一、可能自愈：1、過度疲勞：部分患者可以因為過度疲勞、缺乏睡眠而出現短暫的眼肌無力，這是生理性的。此時只需要注意休息、保證充足睡眠，眼肌無力的癥狀一般能夠自愈；
2、眼肌型重癥肌無力：少數眼肌型重癥肌無力的患者由于感染、過度疲勞、精神創傷造成的過度免疫應答后，免疫功能逐漸恢復正常，從而導致癥狀緩解。
二、無法自愈：1、胸腺疾病：大部分重癥肌無力與胸腺增生和胸腺瘤有關，其均會導致異常的免疫應答，此時需要通過胸腺切除或胸腺放射治療才能緩解癥狀，無法自愈；
2、腦梗死：腦梗死會因神經細胞缺血壞死導致動眼神經核麻痹，從而造成眼肌無力。由于神經細胞缺血是一種嚴重的病理改變，因此無法自愈，需要及時給予靜脈溶栓、機械取栓、抗動脈硬化治療改善癥狀；
3、結核性腦膜炎：結核性腦膜炎患者由于炎癥滲出導致動眼神經、外展神經受到牽拉、刺激，從而造成眼肌無力癥狀。如果不及時抗癆治療，患者的炎癥和滲出無法緩解，因此也不能自愈。
除了上述情況不能自愈外，若是患有多發性硬化這一疾病，是一種免疫介導的中樞神經系統慢性炎性脫髓鞘性疾病，由于炎性脫髓鞘會導致神經變性、軸突損傷，因此需要及時給予糖皮質激素治療緩解癥狀，也難以自愈。