如果合理服用子仲益腎丸，可能不會出現明顯副作用。反之，可能會出現胃腸道不適、神經系統不適等副作用。
子仲益腎丸屬于中成藥，由淫羊藿（羊油炙）、仙茅、肉蓯蓉（酒炙）等組成，具有調和陰陽、補益肝腎的功效，可以用于改善陰陽失調、肝腎不足引起的腰酸背痛、神疲乏力、面色蒼白、形寒肢冷等病癥。
如果患者存在相關疾病，并在醫生的指導下合理的服用子仲益腎丸，可以有效改善不適癥狀，促進疾病恢復，而且不會對機體造成實際刺激，因此可能不會誘發明顯的副作用。
但需要注意的是，如果患者沒有在醫生的指導下合理用藥，存在自行用藥或是更改劑量的情況，則可能會對胃腸道造成刺激，誘發腹痛、腹瀉等不適癥狀，而且可能會刺激神經系統，誘發頭暈、頭痛等不適癥狀。
如果患者用藥之后出現不良癥狀，或是始終沒有改善原發疾病，則應該及時停藥，并根據實際情況及時前往醫院就診檢查，并在醫生的指導下合理治療。期間應該注意合理休息，避免勞累和熬夜，以免導致機體負擔過重，影響恢復。