肩胛骨針灸后比另一邊突出了通常不是針灸的原因，可能是骨質增生、脊柱側彎或者風濕性關節疾病引起的，需要對癥治療。具體情況分析如下：
1、骨質增生：如果一側肩胛骨有骨質增生會出現突出現象，會比另一側的肩胛骨高出一些，可以在醫生的指導下，使用活血化瘀的膏藥治療，比如麝香壯骨膏、通絡去痛膏等。
2、脊柱側彎：如果平時姿勢不正確，會導致脊柱側彎，使一側的肩胛骨突出，看起來比較明顯，可以到醫院通過支具矯正。
3、風濕性關節疾病：如果有風濕性關節疾病可能會出現腫脹的情況，導致關節變形，而引起肩胛骨突出，可以在醫生的指導下服用藥物治療，比如雙氯芬酸鈉緩釋片、布洛芬緩釋膠囊等。