A群流腦疫苗通常指的是A群腦膜炎球菌多糖疫苗。發燒一般指的是發熱。接種A群腦膜炎球菌多糖疫苗后反復發熱39攝氏度可能是藥物的不良反應、過敏、流行性感冒等原因導致的，不同原因可采取不同的治療方式。
1.藥物的不良反應：A群腦膜炎球菌多糖疫苗是一種用于預防A群腦膜炎球菌引起的流行性腦脊髓膜炎的疫苗。少數患者在接種A群腦膜炎球菌多糖疫苗后，可能會出現反復重度發熱的情況。建議患者按照醫囑使用對乙酰氨基酚片、布洛芬片等藥物進行治療，一般可以起到解熱的作用。
2.過敏：極少數患者在接種A群腦膜炎球菌多糖疫苗后，可能會因為對此藥物成分過敏，進而出現紅斑、風團、反復發熱等情況。患者可以按照醫囑使用氯雷他定膠囊、鹽酸西替利嗪片、馬來酸氯苯那敏片等藥物來抗過敏，也可以按照醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、雙氯芬酸鈉緩釋片等藥物來解熱。
3.流行性感冒：免疫力較為低下的患者在接種后，如果感染了流行性感冒病毒，可能會出現咳嗽、咽痛等情況，還可能會出現反復高熱的情況。患者可以按照醫囑使用磷酸奧司他韋顆粒、扎那米韋吸入粉霧劑、羚羊感冒片等藥物進行治療，一般可以起到抗病毒、清熱解表等作用。
除了上述相對比較常見的原因外，中暑、胸膜炎、肺炎、肺結核等因素也可能會造成該癥狀，需及時就醫治療。