通常情況下，肛周膿腫和闌尾炎手術并不能單純地比較哪個更疼。
肛周膿腫在手術期間一般會注射麻醉藥物，能夠起到麻痹神經的作用，在手術期間不會有疼痛的感覺。闌尾炎患者在手術期間也會通過靜脈局部麻醉的方式做手術，在手術的過程中也不會出現疼痛的感覺，所以并無法明確哪個手術更疼。
患者恢復的過程中可能會伴有疼痛的感覺，具體的疼痛程度和個人的感知度有關系，如果有必要的情況下，可以口服阿莫西林膠囊以及布洛芬膠囊緩解疼痛。