外毒素和內毒素的主要區別通常是種類不同、穩定性不同、化學成分不同等。
1、種類不同：外毒素是指外源性物質，主要為革蘭氏陽性菌，而內毒素通常來自體內，主要是革蘭氏陰性桿菌。
2、穩定性不同：外毒素的穩定性比較差，如果處于60℃以上的環境，通常能夠快速被破壞。內毒素的穩定性較好，而且比較耐熱，即使是處于60℃以上環境，通常也能夠耐受一段時間。
3、化學成分不同：外毒素的主要成分為蛋白質，而內毒素是由磷脂-多糖-蛋白質復合物為主要成分組成。
除了以上區別外，通常還有免疫原性不同。無論患者是出現了外毒素感染還是內毒素大量繁殖的情況，都需要及時去醫院就診，并根據毒素種類在醫生的指導下治療，常用藥物通常有阿莫西林膠囊、頭孢呋辛酯片、羅紅霉素膠囊。