新生兒由于免疫力低下，可能會因為和隱性感染者、接觸腸道病毒感染的生活用品、食物等接觸而患上手足口病。家長通常可以通過一般治療、物理降溫以及藥物治療進行處理。
1.一般治療：手足口病具有傳染性，家長應避免新生兒接觸其他人，以免導致其他人感染。家長還應觀察新生兒的呼吸頻率、精神狀態等。
2.物理降溫：新生兒不僅皮膚上出現粟米樣斑丘疹，還可能會出現發熱的情況。如果體溫并未超過38.5℃，并且新生兒的精神狀態不錯，家長可以用濕毛巾、冰袋等物品輕敷腋下、額頭等部位，通常可以起到控制體溫的作用。
3.藥物治療：如果新生兒的體溫超過，家長可以在醫生的指導下給新生兒使用對乙酰氨基酚滴劑、布洛芬混懸液等藥物進行治療，通常可以起到解熱的作用。家長也可以在醫生的指導下給新生兒使用爐甘石洗劑進行治療，通常可以起到收斂的作用。