孕酮低可能是因為胚胎質量不好，也可能是黃體功能不全導致的。
1.胚胎質量不好：如果胚胎質量不好，由于滋養細胞合成的人絨毛膜促性腺激素減少后，可能會使人體所分泌的孕激素減少，女性此時抽血檢查后，可能會顯示為孕酮低。由于胚胎質量不好，導致胎兒畸形的概率較高，建議女性和醫生商議后，終止妊娠。
2.黃體功能不全：黃體功能不全是指卵巢排卵后形成的黃體內分泌功能不足，由于女性可能因為黃體功能不全，會導致分泌的孕酮不足，此時女性的檢查結果一般會顯示孕酮低。建議女性按照醫囑使用醋酸甲羥孕酮片、黃體酮注射液等藥物進行治療。