性別認知障礙一般指性別認同障礙，通常情況下，性別認同障礙是心理疾病。
性別認同障礙是指一個人在心理上不能認同自己的生理性別，認為自己應該屬于另一個性別，渴望轉換。通常情況下，性別認同障礙是心理疾病，其發病可能與遺傳、激素異常、身體發育異常、家庭和社會環境等有關。患者主要表現為強烈而持續認同異性的性別，對自己的性別持續感覺煩惱，一般癥狀至少持續6個月。患者一般可以通過激素治療、手術治療、心理治療等方法來處理。對于激素治療，男性患者可以按醫囑使用雌激素、黃體激素等來治療，女性患者可以按醫囑使用雄激素來治療；對于手術治療，一般可以采取性別重塑術；心理治療一般是協助患者探索性別的問題，以此來緩解患者的性別認同障礙。