做完卵泡監測后兩側小腹痛可能是監測刺激、排卵痛、盆腔炎、附件炎、卵巢囊腫蒂扭轉等原因導致的，女性需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、監測刺激：卵泡監測過程中可能對卵巢及周圍組織產生一定刺激，引起短暫疼痛。女性可適當休息，觀察疼痛變化。
2、排卵痛：如果監測后恰逢排卵，可能出現排卵痛。女性應注意休息，避免劇烈運動。
3、盆腔炎：盆腔炎癥可能在監測后加重，導致腹痛。女性要注意個人衛生，避免性生活，可以按照醫囑使用甲硝唑片、左氧氟沙星片等。
4、附件炎：輸卵管、卵巢等附件部位發炎可能引起腹痛。女性需及時治療，可以按照醫囑使用頭孢克肟膠囊、阿奇霉素片等藥物進行治療，通常可以控制炎癥。
5、卵巢囊腫蒂扭轉：如果有卵巢囊腫，可能在監測后發生蒂扭轉，引起劇烈腹痛。女性應立即就醫，可能需要手術治療。
女性需要關注腹痛情況，如有加重或伴有其他異常癥狀，應及時就醫。