通常卵巢囊腫與卵巢腫瘤之間的主要差異體現在性質、癥狀以及治療的復雜性上。在臨床中，對這兩種疾病進行鑒別診斷時，需要結合病史及影像學檢查結果來綜合分析，需要及時就醫進行治療。
1、性質：卵巢囊腫是由液體所包裹的，通常是良性的、非癌性的腫瘤，占據了卵巢的部分或全部空間。在臨床上，卵巢腫瘤與卵巢囊腫并不是完全等同的概念，因為前者一般伴有其他一些疾病。卵巢腫瘤既有可能是良性的，也有可能是惡性的。因此，這兩者在性質上或許有所不同。
2、癥狀：一般來說，卵巢囊腫可能不會導致明顯的不適感，但有些患者可能會出現腹部腫塊、陰道異常出血等癥狀。卵巢腫瘤不僅表現出前述的癥狀，還有可能引起腹痛、接觸性出血和不孕等其他相關癥狀。
3、治療的復雜性：通常情況下，較小的卵巢囊腫不需要特別治療，而較大的則可以通過手術方式進行切除。如果卵巢腫瘤是惡性的，在進行手術治療后，還需要在醫生的指導下，通過化療、放療等方法來控制病情的發展，因此，這兩種治療方法的難度是不同的。
除了上面提到的常見差異之外，還存在其他的區別，例如誘發的原因、容易發生的人群、治療的預后。其中有些是由病毒引起的感染疾病，而有些則與細菌或支原體相關。在情況變得特別嚴重的情況下，建議盡快進行治療。