二十五味珍珠丸不良反應不明確，大部分患者在服用之后并不會導致不良反應發生。
二十五味珍珠丸屬于中藥，藥物在使用后的效果也是比較好的，目前并沒有臨床的報導出有副作用的發生，但是在服用藥物劑量過大的情況下，就有可能會導致胃腸道黏膜受到一定的刺激，容易導致患者出現惡心和嘔吐等。
在使用的過程當中還需要密切觀察個人情況，如果出現了明顯的不良反應，還導致自身健康受到傷害，則需要立刻停止使用，及時告知醫生，必要的時候還需要更換其他藥物來治療。