肛門閉鎖手術不存在最佳時期，由于肛門閉鎖的位置不同，需要根據具體的情況選擇合適的手術時間及手術方法。如果存在直腸前庭瘺、會陰瘺或者是低位無漏肛門閉鎖的情況，需要在肛門閉鎖確診之后立即進行手術，手術大概在新生兒出生之后的1-2天完成手術。如果存在中位閉鎖或高位閉鎖的情況，通常需要做臨時造瘺手術，可以等到三個月左右做根治性手術，較為常用的手術方式有經會陰肛門成形術、后矢狀入路肛門直腸成形術，或腹腔鏡輔助下骶會陰肛門成形術等。
做完手術之后需要密切關注新生兒各項生命體征，及時查看身體狀態，做好術后護理工作，防止發生術后感染的情況。身體完全恢復之后，需要進行排便訓練，建議選擇固定的時間排便，排便時不可有外界干擾，還要保證排便通暢。