漱口水主要分為清潔性和功能性，日常使用清潔類漱口水，可達到清理口腔食物殘渣、清新口氣的作用；而治療類漱口水對于治療口腔疾病具有一定幫助。就成分本身而言，漱口水沒有危害，但是要注意用量的問題，無論為清潔性漱口水還是治療性漱口水，均不建議長期、單一使用，可能導致口腔內菌群紊亂、口腔干燥等異常。
1、菌群紊亂：漱口水具有殺菌效果，而機體口腔內富含菌群，以維持口腔內環境穩定，不易使口腔發生病變。長期使用漱口水可使菌群失調，發生口腔炎癥、黏膜潰爛甚至多發性潰瘍等病變；
2、口腔干燥：長期使用漱口水，可能會導致患者口腔黏膜及牙齒表發生著色，同時也會影響舌上味蕾，進而導致味覺減退，并且還會抑制唾液分泌，表現為口腔干燥；
3、舌體變黑、肥厚：部分漱口水中含有過氧化氫物質，長期使用可導致患者出現舌體變黑、肥厚等情況；
4、增加齲齒風險：漱口水無法替代刷牙，長期依賴漱口水而不刷牙的人群，可能會增加齲病發生的風險。因為漱口水僅能帶走大塊食物殘渣，但對已經形成的牙菌斑以及牙縫之間的牙垢則無法被清除，長期以往會形成齲病。
此外，應從專業、正規的渠道購買漱口水，因為不合規的部分漱口水的包裝比較劣質，可能含有塑化劑等化學成分，長期使用對人體危害較大。甚至可能含大量酒精，對口腔內部造成損傷和破壞。
因此，建議在日常生活中可偶爾應用漱口水，也可改用牙線清潔口腔，同時注意每日早晚刷牙，保持口腔衛生清潔，一避免口腔疾病的發生。兒童應盡量避免使用漱口水，以免造成誤咽。