有輸卵管囊腫可能會影響懷孕，但也有懷孕的可能，建議患者及時到醫院完善檢查。
輸卵管囊腫可能會改變輸卵管的正常形態和功能，如果囊腫較小，沒有壓迫輸卵管，輸卵管的通暢性和蠕動功能可能不受影響，此時精子和卵子仍能夠在輸卵管內相遇結合，受精卵也可以正常運輸到子宮著床，這種情況下可能可以懷孕。
如果囊腫較大，壓迫了輸卵管，或者引起輸卵管粘連、扭曲等情況，就會阻礙精子和卵子的結合，或者影響受精卵的正常運輸，導致受孕困難。對于有輸卵管囊腫且有懷孕計劃的女性，建議先進行詳細的檢查，如輸卵管造影等，評估輸卵管的功能。如果囊腫對懷孕有影響，可能需要先進行治療，可以通過手術切除囊腫，之后再考慮懷孕。