新生兒巨結腸多為先天性巨結腸，其病因尚未明確，大多是由于感染因素、代謝紊亂、遺傳因素等原因引起。結腸的腸壁神經細胞發育停滯，或缺乏腸壁神經節細胞，這段腸管會出現痙攣的狀態而無法蠕動，并出現先天性的發育畸形，病變部位多呈狹窄狀。糞便會淤滯于病變腸管的近端結腸部位。為了促進糞便排出，近端結腸部位會持續痙攣、蠕動，造成近段結腸肥厚、擴張，形成新生兒巨結腸。
正常的新生兒一般會在出生后24小時內排出第一次胎便，新生兒巨結腸則表現為出生后不排胎便，開始排胎便及排空時間均推遲。出生后2-3天內出現部分甚至完全性腸梗阻癥狀。此后會出現頑固性的便秘，3-7天甚至1-2周排便1次。由于腸梗阻的存在，還可能出現嘔吐癥狀，嘔吐的量隨梗阻的嚴重程度而有所不同，嘔吐物含少量的膽汁。另外新生兒巨結腸會導致長期腹脹，出現食欲下降、營養不良，以及發育遲緩的現象。
新生兒巨結腸在臨床上可以根據臨床表現，以及X線鋇劑灌腸、直腸肛管測壓、直腸活檢等檢查方法確診，確診后可以進行根治性手術治療，即徹底切除病變處狹窄的腸段。