功能性胃腸病一般不能根治，經常反復發作，多數是由于患者的精神或是心理因素導致的，可采取以下方法進行治療：
1.藥物治療：功能性胃腸病可以服用腸胃寧膠囊進行治療，腸胃寧膠囊能起到健脾益腎、溫中止痛以及澀腸止瀉的療效，從而能夠改善患者腹痛、腹脹以及大便異常等癥狀。還可以選擇美沙拉嗪腸溶片進行治療，美沙拉嗪腸溶片可用于多種胃腸疾病的治療，可降低功能性胃腸病的危害性，促進患者的胃腸功能恢復。功能性胃腸病導致情緒抑郁時，可使用抗抑郁藥減輕癥狀，如氟西汀、帕羅西汀、氟伏沙明、舍曲林等。
2.心理治療：因功能性胃腸病的發病時間較長，則會產生一些精神以及心理方面的癥狀，對此應當及時消除內心的恐懼，保持良好的自信心，但對于重癥患者應當咨詢心理科醫生，進行心理方面的疏導。