基底細胞癌切除切凈，可能會復發，復發概率常取決于它的分期，也就是基底細胞癌的侵犯深度和范圍。基底細胞癌大多數惡性程度比較低，臨床治療方法主要是手術和放療。
早期的基底細胞癌切除治療效果比較好，可以切除切凈，大多數都可以治愈，復發概率也較小。因為臨床進行手術切除時，不只是切掉病灶，還會切除病灶邊緣的一部分正常組織，這樣會使術后復發和轉移概率小一些。如果不是早期的基底細胞癌，手術就算切除干凈，術后也有較大轉移、復發的可能。術后可以通過放療、化療等方式，可以提高治愈率，預防復發和轉移。同時腫瘤的分化程度越高，病灶安全范圍越好，切凈的可能性越大，復發概率越小，相反分化程度低，惡性程度高，復發概率也會高。
除此之外，手術要做到切除干凈，通常需要病理科醫生，根據手術過程中的描述、術后病灶的切緣距離、病灶遠近及切緣是否能看到癌細胞綜合進行判定。如果做到真正安全的切除干凈，也會減輕基底細胞癌的復發。