原發性閉經應根據病因進行治療，常見的病因包括肥胖、先天性發育不良、營養因素、卵巢異常、陰道閉鎖等。
1.肥胖：如果患者過于肥胖，可能會導致內分泌失調，進而導致月經不調、原發性閉經等。患者平時應適量吃一些清淡、低脂的食物，比如魚肉、芹菜等，并且堅持體育鍛煉。
2.先天性發育不良：與染色體有關，因為來月經應擁有功能性卵巢，有時卵巢是條紋狀的肌肉組織，因此不具有分泌雌激素和孕激素的功能，子宮也不會發揮作用。患者在醫生的指導下使用激素補充治療，如結合雌激素片、戊酸雌二醇片等，還可以輔助生殖技術等。
3.營養因素：在青春期，此時激素波動已經很高，這可能會導致月經初潮延遲，最終導致原發性閉經。這種情況相對容易糾正。患者需要及時調整飲食結構，多吃富含蛋白質和維生素的食物，適量增加脂肪的攝入。此外，原發性閉經容易引起患者焦慮、抑郁等心理問題，必要時也可以進行心理治療。
4.卵巢異常：包括原發性或先天性卵巢發育不全。由于卵巢功能差，不能分泌雌激素，子宮內膜不會發生周期性變化，導致原發性閉經。這類患者可以通過長期規律地服用雌、孕激素制劑來形成正常月經及維持第二性征，并盡可能促進生殖器官發育，常用藥物包括枸櫞酸氯米芬片、甲磺酸溴隱亭片等，患者應按照醫囑使用藥物。
5.陰道閉鎖：患者可能因為泌尿生殖竇及苗勒管末端發育畸形導致。患者可能會出現月經不來潮、下腹部墜痛等癥狀。患者通常可以通過人工陰道成形術、腸管法陰道成形術等方式進行治療。
除此之外，還可能是生殖無能性營養不良癥、陰道橫隔、無孔處女膜、嗅覺缺失綜合征等導致。若在嬰兒期已發現發育不良，應及時到醫院婦科就診，盡快進行治療和干預。
