一般無痛胃鏡和腸鏡一起做時只需要打一次麻藥，檢查期間受檢者一般感覺到明顯不適癥狀，同時還可以減少麻醉藥物產生的費用。
在進行胃鏡或腸鏡時打麻藥主要指無痛胃鏡以及無痛腸鏡，屬于一種微創檢查方式，在麻醉后可以降低神經對疼痛的感覺，使受檢者在進行胃鏡和腸鏡檢查期間，不會明顯感覺到疼痛或不適癥狀，可以增加受檢者檢查依從性，更有利于檢查。若需要同時進行胃鏡、腸鏡時可以選擇一起做，只需要打一次麻藥，在胃鏡或腸鏡檢查時均不會出現明顯不適癥狀，同時僅需要進行一次麻醉，可以減少麻醉藥物費用。
受檢者在胃鏡檢查前需要保持空腹狀態，而且在檢查以后飲食上需要盡量清淡為主。腸鏡在檢查前需要給予導瀉，將腸道內容物排出后，才有助于檢查結果較為準確。