心臟離子通道病的主要病因為家族遺傳性的編碼各主要離子通道亞單位的基因突變引發的離子通道異常，好發于有家族史的群體，無確切誘發因素。
1、遺傳因素：該疾病具有明顯的家系聚合度，其遺傳變異導致的離子通路變異，以及鈉、鉀、鈣等離子通路都與心臟的正常生理機能有關。由于心臟的離子通道疾病會引起心臟的異常，從而引起心臟的突然的惡性心臟跳動。
2、獲得性心臟的離子通路疾病：由于藥物、電解質紊亂、缺血性心臟病、其它結構性心臟病等原因，比較常見。很多藥都具有引起心律不齊的效應，這些藥可以阻斷HERG和SENSA的離子通路，從而導致心臟運動電位的復極性延遲，傳導阻滯，Q—T間隔時間增加，從而導致心律不齊。在極少數群體中，對毒品尤其過敏，Q-T間隔時間較高，這與基因的易感度相關。