臨床上并沒有水蛭素和納豆激酶哪一個治血栓更好這種說法，兩者對于血栓的治療都有比較好的效果，在符合藥物適應證的情況下，患者可以遵醫囑合理選擇水蛭素或納豆激酶進行使用。
水蛭素對凝血酶具有很強的抑制作用，臨床上常用于抗凝治療和活血化瘀治療，尤其用于治療各種血栓性的疾病。
一般用于靜脈血栓和彌漫性血管內凝血的治療，也可用于外科手術后預防動脈血栓的形成、預防溶解血栓后和血管再造后血栓的形成、改善體外血液循環和血液透析的過程。
納豆激酶是一種枯草桿菌蛋白激酶，是在納豆發酵過程中由納豆枯草桿菌產生的一種絲氨酸蛋白酶，具有溶栓、降低血液黏度、改善血液循環、軟化和增加血管彈性的作用。
所以臨床目前用于預防和改善心腦血管疾病的治療，如冠心病、心絞痛、心肌梗死、腦梗死、動脈粥樣硬化患者的治療。
如果患者患有血栓，建議前往醫院血管外科就診，進行血常規、血生化、血管彩超等相關檢查，明確診斷后遵照醫囑進行針對性治療。