細菌性腹瀉和病毒性腹瀉的區別，主要表現在致病因素、臨床癥狀、實驗室檢查方面。而在治療上，兩者都需要對癥治療，如補液、補充電解質，而細菌性腹瀉還需要使用抗生素進行治療。
1、致病因素：細菌性腹瀉是由細菌感染，引起的腸道黏膜彌漫性病變，主要的致病菌有痢疾桿菌、霍亂弧菌等。病毒性腹瀉主要是由輪狀病毒、腺病毒等病毒感染所致；
2、臨床癥狀：兩者臨床基本癥狀都是腹痛、腹瀉癥狀，但細菌性腹瀉的癥狀稍重于病毒性腹瀉。細菌性腹瀉常表現為里急后重、黏液膿血便，大便形狀呈果醬樣。而病毒性腹瀉，主要為蛋花樣、稀水樣便；
3、實驗室檢查：細菌性腹瀉通過化驗大便，常能觀察到大量紅細胞、白細胞，甚至膿細胞。但大部分病毒性腹瀉患者，大便化驗可呈陰性，僅少數患者出現大便隱血的情況；
4、治療：細菌性腹瀉主要是使用抗生素治療，如左氧氟沙星、諾氟沙星等。一般病毒性腹瀉沒有對因治療的方法，所以只能對癥處理，即補充液體、電解質、補充足夠營養。因為病毒感染具有自限性，身體對病毒侵害的抵抗能力越強，癥狀會緩解較快。另外由于二者都有明顯的腹瀉，易造成水分和電解質丟失，所以都需要補充液體及電解質。