一般較小的口腔潰瘍不容易引起發燒，有可能恰巧是口腔潰瘍發作的同時，機體因為其他原因引起的發燒。但如果口腔潰瘍創面比較大，局部紅腫比較明顯時，可能引起機體發燒，應針對口腔潰瘍和發燒，做不同的處理。
1、局部清潔：口腔潰瘍引起發燒時，首先應保證口腔潰瘍面的清潔，防止局部感染的加重，患者要做到早晚刷牙、飯后漱口，口腔內可遵醫囑用具有消炎作用，并且具有促進潰瘍愈合作用的漱口水來交替使用，以便更好地控制局部炎癥；
2、物理降溫：通過物理的熱交換原理吸收熱量而使人體體溫降低，較適用于體溫在38.5℃以下的患者，常用的方法有冰袋冷敷頭部、溫水擦浴及在大動脈處冷敷等；
3、藥物治療：如果患者物理降溫效果不明顯，或體溫超過38.5℃，此時需要遵醫囑口服解熱鎮痛藥物進行治療，常用藥物有布洛芬、對乙酰氨基酚等。對于口腔潰瘍嚴重的患者，還可遵醫囑口服消炎藥控制炎癥，常用藥物為頭孢曲松鈉、阿莫西林、克林霉素等，也可局部應用利多卡因凝膠促進潰瘍愈合。
一般的口腔潰瘍面都比較小，并不會引起機體發燒。如果患者發生了口腔潰瘍，并伴隨發燒癥狀，有可能與機體抵抗力降低導致疾病發作有關，如感冒、扁桃體炎發作，或口腔內其他部位的炎癥性疾病等，通常可表現為潰瘍部位紅腫現象較明顯，需要及時到醫院就診明確病因，口腔潰瘍在護理得當的情況下，一般能夠自行愈合。