囊胚移植第九天有褐色分泌物是否正常，需取決于出現褐色分泌物的原因，常見原因有囊胚著床期出現少量內膜脫落引起，此時屬于正常情況。也可能是先兆流產引起，還可能是因為囊胚著床失敗導致子宮內膜剝脫引起，此時屬于不正常的情況。
1、囊胚著床期：囊胚移植后胚胎在長入內膜時，可能對內膜造成一定的損傷，從而導致少量內膜剝脫，可表現出囊胚移植第九天有褐色分泌物，但通常量較小，持續時間較短，并且不伴有其它癥狀，屬于正常表現；
2、先兆流產：如果囊胚移植第九天時胚胎還未穩定，若出現褐色分泌物的同時伴有腹痛等癥狀，則可能是先兆流產，是不正常的現象，建議及時到醫院就診，在醫生的指導下進行保胎治療，如注射黃體酮注射液進行治療；
3、囊胚著床失敗：如果囊胚移植第九天有褐色分泌物，且持續增多，并伴有內膜組織脫落，則考慮為囊胚著床失敗，出現子宮內膜脫落的情況，屬于不正常的現象，建議及時到醫院檢查，根據具體情況選擇清宮術或再次移植。