孕囊是由精子與卵子結合后形成的受精卵，通過受精卵細胞不斷增殖分化，而形成的囊樣結構。形成孕囊是比較復雜的過程，一般需要經過受精、卵裂、增生等幾個階段。
通常在孕囊形成之前，需要獲能的精子與卵子相遇在輸卵管的位置，并逐步結合形成受精卵。在受精之后大約30個小時，受精卵能夠借助于輸卵管的蠕動和輸卵管上皮纖毛推動，向宮腔的方向移動，同時開始進行有絲分裂。在卵裂過程中，受精卵能形成多個子細胞，被稱為分裂球。在受精之后大約50個小時，這時通常處在8個細胞的階段，受精之后大約72h，能夠分裂成16個細胞的實心胚，被稱之為增生胚。
大約在受精之后的第96小時后，早期的囊胚能夠進入到宮腔。隨后細胞繼續分裂，并且能夠在細胞間隙匯集來自宮腔的液體，這個時候就形成早期的囊胚。到受精之后第5-6天，早期囊胚表面透明帶消失，總體積逐漸增大，繼續發育分裂，形成晚期囊胚，逐步能夠被超聲影像學檢查探視，這時就可以觀察到孕囊。