腸阿米巴病典型的病變是以組織液化壞死為主的變質性炎癥，急性期病變、慢性期病變的特點有所不同。腸阿米巴病的病變部位主要為盲腸、升結腸，隨后為乙狀結腸、直腸，嚴重者甚至累及整個結腸及回腸下段。
1、急性期病變：通過肉眼觀察，早期可發(fā)現(xiàn)黏膜表面形成點狀壞死或淺潰瘍，有時伴有出血，而進入黏膜下層后，會造成組織明顯液化性壞死，形成口窄底寬的燒瓶狀潰瘍。潰瘍繼續(xù)擴展，黏膜下層相互貫通，從而形成隧道樣病變。鏡下可見潰瘍處的大片液化性壞死，潰瘍邊緣、腸壁小靜脈腔內，可見核小而圓的滋養(yǎng)體；
2、慢性期病變：病變較為復雜，腸壁組織因反復壞死及修復，引起肉芽組織增生和瘢痕的形成，發(fā)生瘢痕性狹窄、腸息肉或肉芽腫等病變，且處于慢性期病變者是阿米巴病的主要傳染源。