一般來說，孕囊第二次比第一次小可能是數據偏差、胚胎發育不良等因素導致的，需要根據實際情況進行處理，具體分析如下：
1.數據偏差：如果患者在進行B超檢查前存在憋尿時間過長的情況，進行檢查時可能會影響孕囊的形狀和大小的數據，導致就診結果不準確，進而出現孕囊第二次比第一次小的情況。建議患者調整個人狀態，間隔一周再前往醫院進行檢查，檢查前要避免憋尿時間長，以免影響檢查結果。
2.胚胎發育不良：胚胎發育不良可能會導致孕囊枯萎，進而出現孕囊第二次比第一次小的情況，通常還伴有陰道流血、腹痛等癥狀。建議患者在醫生的指導下通過B超檢查、四維彩超等方式進行檢查，然后在醫生的指導下進行治療。