如果兒童被支原體感染后，經過有效治療完全治愈，一般不會再復發，但是如果治療不徹底或者兒童再次接觸支原體，則會再次被感染，即出現支原體反復感染的情況，因此兒童治療痊愈后要避免再次感染支原體。
通常在支原體感染以后，人體并不會獲得終身的免疫力，一般與兒童的抵抗力也存在一定關系，部分兒童的抵抗力比較弱，免疫功能比較低下，更容易出現支原體反復感染，以及呼吸道感染。因此，兒童支原體感染要及時進行正規治療，采取足療程的方法，避免過早停藥，導致治療不徹底，可能會使疾病復發。
尤其發展成為支原體肺炎的兒童，要進行藥敏試驗，選擇敏感的抗生素進行治療，服藥過程中不可隨意斷藥或減少藥物，否則可能會產生耐藥性，不利于疾病康復，臨床中常用藥物包括大環內酯類抗生素，如阿奇霉素、羅紅霉素、紅霉素等，以及喹諾酮類藥物，如氧氟沙星等，但兒童一般不應用喹諾酮類藥物，以免影響其生長發育。
兒童在日常生活中應適當進行體育鍛煉，如慢跑、足球等，幫助增強機體抵抗力，外出時避免到人流密集的公共場所，尤其注意手部衛生，避免再次感染支原體。