性別認知障礙又稱為性別識別障礙。通常情況下，性別識別障礙是否會影響性取向，需要根據具體的情況來判斷，如果積極進行治療，一般不會影響性取向；如果未能進行治療，可能會影響性取向。具體分析如下：
性別識別障礙是指兒童對自身性別的認識與自己真實解剖特征相反，如男孩否認自己的男性特征，認為自己是女性。如果兒童出現這些情況，家長應及時帶兒童去醫院進行檢查，并在醫生的指導下進行心理治療。積極進行治療后，性別識別障礙通常治愈，這樣一般不會影響兒童的性取向。但是，如果兒童出現性別識別障礙，家長未引起重視，并未及時帶兒童去醫院就醫，這種情況下，可能會影響到兒童的性取向。