通常無法比較復方玄駒膠囊和麒麟丸哪個效果好，患者應前往中醫腎病科進行辨證論治，由醫生結合自身病情、年齡還有對藥物利用程度等方面，開具適宜藥物。
1、復方玄駒膠囊：該藥中包含淫羊藿、枸杞子、蛇床子等中藥材，可以起到溫補腎臟、補益精氣等功效，可以改善腎陽虛，這類患者通常會伴隨沒力氣、精神不振、腰膝酸軟等現象，還可以用于滿足該類證候的功能性陽痿。陰虛火旺的患者，通常應慎重服用此類中成藥。
2、麒麟丸：此藥內含有菟絲子、鎖陽、黨參、郁金、枸杞子等中草藥，具有補腎填精、益氣養血的作用，用于腎虛精虧、血氣不足，該類患者一般會表現為陽痿、早泄、經期紊亂、沒力氣等現象，也可以改善符合此類證候的男子不育癥，女子不孕癥，感冒發熱的患者應慎重用藥。
這兩種藥物的組成成分、適用人群、功效，還有慎用人群等方面均存在差異，且二者屬于不同類型的藥物，因此通常無法比較哪個效果更好些。不建議患者盲目用藥或更改用藥劑量，以防用藥錯誤，影響自身病情恢復。