通常情況下，胚胎可以做親子鑒定，但是要在專業醫生的指導下進行操作。
一般在懷孕期間胚胎可以做親子鑒定，通常懷孕第10周-13周，可以通過提取胎盤絨毛和男性的脫氧核糖核酸進行比對，但是這種方法可能會對孕婦或者胚胎造成一定傷害，因此要在正規的醫院進行親子鑒定。此外，懷孕第16周后還可以通過羊水穿刺的方法做親子鑒定，此時腹中羊水較多，胚胎的發育相對來說已經成熟，提取少量羊水一般不會對胚胎造成較大影響，準確率也比較高。
在做親子鑒定之前，要先對女性身體狀況進行檢查，如果女性身體較為虛弱或胚胎發育比較差，則不建議做親子鑒定，以免造成流產。