雙腎小囊腫可能不需要治療，但有些情況也需要進行治療，需要根據患者的具體病情分析。雙腎小囊腫可以是單純性的腎囊腫，也可以是多發的腎囊腫。如果患有雙腎小囊腫，建議及時就診，在醫生的指導下選擇合適的治療方案。
1、無需治療：如果患者患有的雙腎小囊腫，單側囊腫小于3個，且大小＜5cm，并且向外生長，臨床上也沒有不適癥狀，通常不需要治療，繼續觀察即可；
2、需要治療：若患者單側的腎囊腫超過3個，且囊腫持續性增大，同時囊腫還是向內生長，這種情況下雙腎小囊腫需要治療。因為囊腫會不斷長大，可能會壓迫到腎實質，從而導致腎積水、腎臟功能減退等情況的出現，嚴重時還容易造成腎衰的發生。因此，這種情況下的雙腎小囊腫，需要治療。
臨床上，治療常為外科治療，可分為經皮穿刺抽囊液、注射硬化劑和做囊腫去頂減壓術，以及囊腫切除術三種。一般都可以使患者的病情得到控制，減少對于腎臟的壓迫。若患者還出現血尿、蛋白尿等癥狀時，還可以使用ACEI類藥物，如馬來酸依那普利、西拉普利等，或使用ARB類藥物，如氯沙坦、厄貝沙坦等輔助治療。